Alemdar Mustafa Paşa ve yandaşları Sultan Üçüncü Selim'i tekrar tahta geçirmek için bazı görüşmeler yapmaya başladılar. Nihayet 16 bin kişilik bir ordu ile İstanbul'a yürüyen Alemdar Mustafa Paşa, Hacı Ali Ağa'yı İstanbul'a göndererek Kabakçı Mustafa'yı öldürttü (19 Temmuz 1808). Ordusuyla birlikte İstanbul'a gelen Alemdar Mustafa Paşa bir çok isyancıyı da öldürdükten sonra Bab-ı Ali'ye geldi.  Arif Efendiyi (Arapzade) şeyhülislam yaptıktan sonra saraya gitti.

Sultan Dördüncü Mustafa, Alemdar Mustafa Paşa'nın Sultan Üçüncü Selim'i padişah yapmak için geldiğini söyleyen şeyhülislamı kovdu ve kardeşi şehzade Mahmud ve Sultan Üçüncü Selim'in öldürülmesini emretti. Sultan Üçüncü Selim hemen öldürüldü. Şehzade Mahmud ise cariyelerin ve hizmetkarlarının yardımıyla sarayın çatısına kaçırıldı. Alemdar Mustafa Paşa, Sultan Dördüncü Mustafa'yı tahtan indirerek yerine Sultan İkinci Mahmud'u getirdi. Sultan İkinci Mahmud, kendisinin tahta çıkarılmasını sağlayan Alemdar Mustafa Paşa'yı sadrazam yaptı.

Alemdar Mustafa Paşa'nın sadrazamlığı ve İkinci Mahmud'un padişahlığı sırasında sarayda yaşayan Dördüncü Mustafa yeniçerilerin onu tekrar padişah yapmaya çalıştıkları bir ayaklanma sırasında Sultan İkinci Mahmud'un emriyle 17 Kasım 1808'de öldürüldü. Son derece acımasız bir tabiata sahip olan ve ihtirasları karşısında zayıf durumlara düşerek ülkede kaos ortamı oluşmasına sebep olan Sultan Dördüncü Mustafa ıslahat hareketlerine karşı tutumuyla Osmanlı tarihine geçti.