Memleketin imarı ile de ilgilenen Sultan Üçüncü Murad, Topkapı sarayına bazı köşkler ilave ettirdi. Babası sultan İkinci Selim ve dedesi Kanuni Sultan Süleyman dönemlerinde birçok esere imza atmış olan Mimar Sinan, Sultan Üçüncü Murad döneminde, ölümüne kadar başarılı çalışmalarına devam etti.

Azapkapı Sokullu Camii,
İzmit Pertev Paşa Camii ve Külliyesi,
Ilgın Lala Mustafa Paşa Camii,
Üsküdar Eski Valide Camii ve Külliyesi,
Şemsi Ahmed Paşa Camii ve Medresesi,
Tophane Kılıç Ali Paşa Camii, Sebil ve Hamamı,
Manisa Muradiye Camii,
İvaz Efendi Camii ve Ramazan Efendi Camii,
Sultan Üçüncü Murad'ın Mimar Sinan'a yaptırdığı eserlerdendir. 1588'de Mimar Sinan'ın ölümünden sonra yapı faaliyetinde belirli bir azalma olmuştur.

Sultan Üçüncü Murad döneminde ayrıca, Kars kalesi inşa edildi. Mekke'de Kabe-i Şerif'in duvarları mermer yaptırıldı ve Medine'de bir medrese inşa ettirildi. İstanbul'daki Toptaşı Tımarhanesi de Sultan Üçüncü Murad döneminde yapılan eserlerindendir.