Sultan İkinci Bayezid siyasi ve askeri faaliyetlerine Rumeli'de başladı. Bosna, Fatih Sultan Mehmed döneminde Osmanlı topraklarına katılmış, Hersek ise henüz alınamamıştı. 1483'de yapılan akınlar sonucu, bu bölge kesin olarak Osmanlı Devleti'ne katıldı. 

Boğdan vergiye bağlandı. Boğdan Prensliği'ne bağlı Kilya (15 Temmuz 1484) ve Akkerman (9 ağustos 1484) kaleleri fethedildi. 1491 yılında Macaristan'a büyük akınlar düzenlendi. Sultan İkinci Bayezid 31 Mayıs 1499'da da Yunan seferine çıktı.

Memlük Devleti'nin, Cem Sultan'ı koruması ve Ramazanoğulları ile Dulkadiroğulları Beylikleri üzerinde etkili olarak, Anadolu'nun işlerine karışması, gergin olan Osmanlı-Memlük ilişkilerini iyice bozdu. 1485 yılında savaşlar yapıldı. Yapılan savaşlardan önemli bir sonuç elde edilemedi. Adana ve Tarsus gibi yerler, Mekke-Medine vakıflarına bağlı oldukları gerekçesiyle geri verildiler (1491).